2025/06/25 更新

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ウエダ ジュン
上田 潤
UEDA Jun
所属
医学部 医学科 基礎医学講座 先端医科学講座
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学位

  • 博士(生命科学) ( 2006年9月   京都大学 )

研究キーワード

  • 転写制御

  • エピジェネティクス

  • ES細胞

  • 生殖生物学

  • Germ Cells

  • Stem Cells

  • Cancer

  • Epigenetics

  • Hypoxia

  • 生殖細胞

  • 分化多能性

  • ライブセルイメージング

  • ゲノム編集

  • Spikeopathy

  • Spermatogenesis

研究分野

  • ライフサイエンス / 実験動物学

  • ライフサイエンス / 分子生物学

  • ライフサイエンス / 発生生物学

学歴

  • 京都大学 大学院生命科学研究科   統合生命科学専攻 眞貝洋一研究室

    2001年4月 - 2006年6月

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  • 名古屋大学 農学部   応用生命科学科 牧正敏研究室

    1997年4月 - 2001年3月

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経歴

  • 旭川医科大学   医学部 先端医科学講座   准教授

    2020年9月 - 現在

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  • 旭川医科大学   教育研究推進センター   准教授

    2017年4月 - 2020年9月

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  • 中部大学   生命健康科学部   客員准教授

    2017年4月 - 2020年3月

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  • 中部大学   実験動物教育研究センター(岩本隆司センター長)   専任助教

    2014年10月 - 2017年3月

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  • 大阪大学 微生物病研究所 生体応答遺伝子解析センター(岡部勝・伊川正人センター長)山縣一夫グループ   特任助教

    2011年1月 - 2014年10月

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  • Cancer Science Institute of Singapore, National University of Singapore   Lorenz Poellinger Group   Research Fellow A

    2009年5月 - 2010年12月

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  • 独立行政法人理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター   哺乳類生殖細胞研究チーム(斎藤通紀チームリーダー)   研究員

    2006年7月 - 2009年5月

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所属学協会

  • ワクチン問題研究会

    2023年10月 - 現在

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  • 日本癌学会

    2018年4月 - 現在

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  • 日本実験動物学会

    2015年4月 - 現在

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委員歴

  • 公益社団法人 日本実験動物学会   評議員  

    2020年7月 - 2024年7月   

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    団体区分:学協会

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  • 公益社団法人 日本実験動物学会   動物実験に関する外部検証事業 専門員  

    2020年4月 - 現在   

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    団体区分:学協会

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  • The Journal of Biochemistry   Advisory Board(編集参与)  

    2018年 - 現在   

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    団体区分:学協会

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  • 文部科学省 科学技術・学術政策研究所 科学技術動向研究センター   専門調査員  

    2015年4月 - 現在   

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    団体区分:政府

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留学歴

  • 2009年5月 - 2010年12月   シンガポール国立大学 シンガポールがん科学研究所   博士研究員A

論文

  • Comprehensive posttranslational modifications in the testis-specific histone variant H3t protein validated in tagged knock-in mice. 査読 国際誌

    Takayuki Kawaguchi, Michihiro Hashimoto, Reiko Nakagawa, Ryunosuke Minami, Masahito Ikawa, Jun-Ichi Nakayama, Jun Ueda

    Scientific Reports   14 ( 1 )   21305 - 21305   2024年9月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    During the development of multicellular organisms and cell differentiation, the chromatin structure in the cell nucleus undergoes extensive changes, and the nucleosome structure is formed by a combination of various histone variants. Histone variants with diverse posttranslational modifications are known to play crucial roles in different regulatory functions. We have previously reported that H3t, a testis-specific histone variant, is essential for spermatogenesis. To elucidate the function of this chromatin molecule in vivo, we generated knock-in mice with a FLAG tag attached to the carboxyl terminus of H3t. In the present study, we evaluated the utility of the generated knock-in mice and comprehensively analyzed posttranslational modifications of canonical H3 and H3t using mass spectrometry. Herein, we found that H3t-FLAG was incorporated into spermatogonia and meiotic cells in the testes, as evidenced by immunostaining of testicular tissue. According to the mass spectrometry analysis, the overall pattern of H3t-FLAG posttranslational modification was comparable to that of the control H3, while the relative abundances of certain specific modifications differed between H3t-FLAG and the control bulk H3. The generated knock-in mice could be valuable for analyzing the function of histone variants in vivo.

    添付ファイル: プレスリリース_旭川医大・基生研_最終版NIBB.pdf

    DOI: 10.1038/s41598-024-72362-7

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  • Visualizing histone H4K20me1 in knock-in mice expressing the mCherry-tagged modification-specific intracellular antibody. 招待 査読 国際誌

    Yuko Sato, Maoko Takenoshita, Miku Ueoka, Jun Ueda, Kazuo Yamagata, Hiroshi Kimura

    Histochemistry and Cell Biology   2024年5月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Cold Spring Harbor Laboratory  

    Abstract

    During development and differentiation, histone modifications dynamically change locally and globally, associated with transcriptional regulation, DNA replication and repair, and chromosome condensation. The level of histone H4 Lys20 monomethylation (H4K20me1) increases during the G2 to M phases of the cell cycle and is enriched in facultative heterochromatin, such as inactive X chromosomes in cycling cells. To track the dynamic changes of H4K20me1 in living cells, we have developed a genetically encoded modification-specific intracellular antibody (mintbody) probe that specifically binds to the modification. Here, we report the generation of knock-in mice in which the coding sequence of the mCherry-tagged version of the H4K20me1-mintbody is inserted into theRosa26locus. The knock-in mice, which ubiquitously expressed the H4K20me1-mintbody, developed normally and were fertile, indicating that the expression of the probe does not disturb the cell growth, development, or differentiation. Various tissues isolated from the knock-in mice exhibited nuclear fluorescence without the need for fixation. The H4K20me1-mintbody was enriched in inactive X-chromosomes in developing embryos and in XY bodies during spermatogenesis. The knock-in mice will be useful for the histochemical analysis of H4K20me1 in any cell types.

    DOI: 10.1007/s00418-024-02296-8

    PubMed

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  • COVID-19ワクチンの副作用:日本における学会発表と世界における論文報告の現状 査読

    小西菜普子, 平井由里子, 彦田 裕司, 宮原 聡子, 藤沢 明徳, 本橋 秀之, 上田 潤, 井上 正康, 福島 雅典

    臨床評価   51 ( 3 )   2024年1月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    添付ファイル: Konishi et al., 2024.pdf

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  • Toward the Development of Epigenome Editing-Based Therapeutics: Potentials and Challenges 査読

    Jun Ueda, Taiga Yamazaki, Hiroshi Funakoshi

    International Journal of Molecular Sciences   24 ( 5 )   4778   2023年3月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    添付ファイル: Ueda, J., et al., IJMS, 2023.pdf

    DOI: 10.3390/ijms24054778

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  • Importance of real-time measurement of sperm head morphology in intracytoplasmic sperm injection. 国際誌

    Fumiaki Itoi, Toshinobu Miyamoto, Takehiro Himaki, Hiroyuki Honnma, Miho Sano, Jun Ueda

    Zygote (Cambridge, England)   1 - 8   2021年5月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Intracytoplasmic sperm injection (ICSI) is an important technique in male infertility treatment. Currently, sperm selection for ICSI in human assisted reproductive technology (ART) is subjective, based on a visual assessment by the operator. Therefore, it is desirable to develop methods that can objectively provide an accurate assessment of the shape and size of sperm heads that use low-magnification microscopy available in most standard fertility clinics. Recent studies have shown a correlation between sperm head size and shape and chromosomal abnormalities, and fertilization rate, and various attempts have been made to establish automated computer-based measurement of the sperm head itself. For example, a dictionary-learning technique and a deep-learning-based method have both been developed. Recently, an automatic algorithm was reported that detects sperm head malformations in real time for selection of the best sperm for ICSI. These data suggest that a real-time sperm selection system for use in ICSI is necessary. Moreover, these systems should incorporate inverted microscopes (×400-600 magnification) but not the fluorescence microscopy techniques often used for a dictionary-learning technique and a deep-learning-based method. These advances are expected to improve future success rates of ARTs. In this review, we summarize recent reports on the assessment of sperm head shape, size, and acrosome status in relation to fertility, and propose further improvements that can be made to the ARTs used in infertility treatments.

    DOI: 10.1017/S0967199421000307

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  • Structural basis for histone variant H3tK27me3 recognition by PHF1 and PHF19. 査読 国際誌

    Cheng Dong, Reiko Nakagawa, Kyohei Oyama, Yusuke Yamamoto, Weilian Zhang, Aiping Dong, Yanjun Li, Yuriko Yoshimura, Hiroyuki Kamiya, Jun-Ichi Nakayama, Jun Ueda, Jinrong Min

    eLife   9   2020年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The PRC2 (Polycomb repressive complex 2) complex is a multi-component histone H3K27 methyltransferase, best known for silencing Hox genes during embryonic development. The Polycomb-like proteins PHF1, MTF2 and PHF19 are critical components of PRC2 by stimulating its catalytic activity in embryonic stem (ES) cells. The Tudor domains of PHF1/19 have been previously shown to be readers of H3K36me3 in vitro. However, some other studies suggest that PHF1 and PHF19 co-localize with the H3K27me3 mark, but not H3K36me3 in cells. Here, we provide further evidence that PHF1 co-localizes with H3t in testis, and its Tudor domain preferentially binds to H3tK27me3 over canonical H3K27me3 in vitro. Our complex structures of the Tudor domains of PHF1 and PHF19 with H3tK27me3 shed light on the molecular basis for preferential recognition of H3tK27me3 by PHF1 and PHF19 over canonical H3K27me3, implicating that H3tK27me3 might be a physiological ligand of PHF1/19.

    DOI: 10.7554/eLife.58675

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  • The normality of sperm in an infertile man with ring chromosome 15: a case report 査読

    Kazuyo Nishikawa, Fumiaki Itoi, Miki Nagahara, Mami Jose, Ayumi Matsunaga, Jun Ueda, Takashi Iwamoto

    Journal of Assisted Reproduction and Genetics   35 ( 2 )   251 - 256   2018年2月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer New York LLC  

    DOI: 10.1007/s10815-017-1061-9

    Scopus

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  • Inhibition of the H3K9 methyltransferase G9A attenuates oncogenicity and activates the hypoxia signaling pathway 査読

    Jolene Caifeng Ho, Lissa Nurrul Abdullah, Qing You Pang, Sudhakar Jha, Edward Kai-Hua Chow, Henry Yang, Hiroyuki Kato, Lorenz Poellinger, Jun Ueda, Kian Leong Lee

    PLOS ONE   12 ( 11 )   e0188051   2017年11月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1371/journal.pone.0188051

    Web of Science

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  • Testis-Specific Histone Variant H3t Gene Is Essential for Entry into Spermatogenesis 査読

    Jun Ueda, Akihito Harada, Takashi Urahama, Shinichi Machida, Kazumitsu Maehara, Masashi Hada, Yoshinori Makino, Jumpei Nogami, Naoki Horikoshi, Akihisa Osakabe, Hiroyuki Taguchi, Hiroki Tanaka, Hiroaki Tachiwana, Tatsuma Yao, Minami Yamada, Takashi Iwamoto, Ayako Isotani, Masahito Ikawa, Taro Tachibana, Yuki Okada, Hiroshi Kimura, Yasuyuki Ohkawa, Hitoshi Kurumizaka, Kazuo Yamagata

    Cell Reports   18 ( 3 )   593 - 600   2017年1月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    添付ファイル: Ueda, J., et al., Cell Reports, 2017.pdf

    DOI: 10.1016/j.celrep.2016.12.065

    Web of Science

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  • The impact of mechanical stress on stem cell properties: The link between cell shape and pluripotency 招待 査読

    Jolene Caifeng Ho, Jun Ueda, Takeshi Shimizu

    Histology and Histopathology   31 ( 1 )   41 - 50   2016年1月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    添付ファイル: Ho et al., Histology and Histopathology, 2016.pdf

    DOI: 10.14670/HH-11-665

    Web of Science

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  • The Hypoxia-Inducible Epigenetic Regulators Jmjd1a and G9a Provide a Mechanistic Link between Angiogenesis and Tumor Growth 査読

    Jun Ueda, Jolene Caifeng Ho, Kian Leong Lee, Shojiro Kitajima, Henry Yang, Wendi Sun, Noriko Fukuhara, Norazean Zaiden, Shing Leng Chan, Makoto Tachibana, Yoichi Shinkai, Hiroyuki Kato, Lorenz Poellinger

    Molecular and Cellular Biology   34 ( 19 )   3702 - 3720   2014年10月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1128/MCB.00099-14

    Web of Science

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  • Heterochromatin Dynamics during the Differentiation Process Revealed by the DNA Methylation Reporter Mouse, MethylRO 査読

    Jun Ueda, Kazumitsu Maehara, Daisuke Mashiko, Takako Ichinose, Tatsuma Yao, Mayuko Hori, Yuko Sato, Hiroshi Kimura, Yasuyuki Ohkawa, Kazuo Yamagata

    Stem Cell Reports   2 ( 6 )   910 - 924   2014年6月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    添付ファイル: Ueda, J., et al., Stem Cell Reports, 2014.pdf

    DOI: 10.1016/j.stemcr.2014.05.008

    Web of Science

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  • Long-term live-cell imaging of mammalian preimplantation development and derivation process of pluripotent stem cells from the embryos 招待 査読

    Kazuo Yamagata, Jun Ueda

    Development Growth & Differentiation   55 ( 4 )   378 - 389   2013年5月

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    担当区分:最終著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1111/dgd.12048

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  • Survival and death of epiblast cells during embryonic stem cell derivation revealed by long-term live-cell imaging with an Oct4 reporter system 査読

    Kazuo Yamagata, Jun Ueda, Eiji Mizutani, Mitinori Saitou, Teruhiko Wakayama

    Developmental Biology   346 ( 1 )   90 - 101   2010年10月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    添付ファイル: Yamagata, K., Ueda, J., et al., Dev. Biol., 2010.pdf

    DOI: 10.1016/j.ydbio.2010.07.021

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  • Zinc finger protein Wiz links G9a/GLP histone methyltransferases to the co-repressor molecule CtBP 査読

    Jun Ueda, Makoto Tachibana, Tsuyoshi Ikura, Yoichi Shinkai

    Journal of Biological Chemistry   281 ( 29 )   20120 - 20128   2006年7月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    添付ファイル: Ueda, J., et al., J. Biol. Chem., 2006.pdf

    DOI: 10.1074/jbc.M603087200

    Web of Science

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  • HIF3A gene disruption causes abnormal alveoli structure and early neonatal death. 査読 国際誌

    Tomoki Kawahata, Kitaru Tanaka, Kyohei Oyama, Jun Ueda, Kensaku Okamoto, Yuichi Makino

    PLOS ONE   19 ( 5 )   e0300751   2024年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Transcriptional response to changes in oxygen concentration is mainly controlled by hypoxia-inducible transcription factors (HIFs). Besides regulation of hypoxia-responsible gene expression, HIF-3α has recently been shown to be involved in lung development and in the metabolic process of fat tissue. However, the precise mechanism for such properties of HIF-3α is still largely unknown. To this end, we generated HIF3A gene-disrupted mice by means of genome editing technology to explore the pleiotropic role of HIF-3α in development and physiology. We obtained adult mice carrying homozygous HIF3A gene mutations with comparable body weight and height to wild-type mice. However, the number of litters and ratio of homozygous mutation carriers born from the mating between homozygous mutant mice was lower than expected due to sporadic deaths on postnatal day 1. HIF3A gene-disrupted mice exhibited abnormal configuration of the lung such as a reduced number of alveoli and thickened alveolar walls. Transcriptome analysis showed, as well as genes associated with lung development, an upregulation of stearoyl-Coenzyme A desaturase 1, a pivotal enzyme for fatty acid metabolism. Analysis of fatty acid composition in the lung employing gas chromatography indicated an elevation in palmitoleic acid and a reduction in oleic acid, suggesting an imbalance in distribution of fatty acid, a constituent of lung surfactant. Accordingly, administration of glucocorticoid injections during pregnancy resulted in a restoration of normal alveolar counts and a decrease in neonatal mortality. In conclusion, these observations provide novel insights into a pivotal role of HIF-3α in the preservation of critically important structure and function of alveoli beyond the regulation of hypoxia-mediated gene expression.

    DOI: 10.1371/journal.pone.0300751

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  • Mutant GNAS limits tumor aggressiveness in established pancreatic cancer via antagonizing the KRAS-pathway. 査読

    Hidemasa Kawabata, Yusuke Ono, Nobue Tamamura, Kyohei Oyama, Jun Ueda, Hiroki Sato, Kenji Takahashi, Kenzui Taniue, Tetsuhiro Okada, Syugo Fujibayashi, Akihiro Hayashi, Takuma Goto, Katsuro Enomoto, Hiroaki Konishi, Mikihiro Fujiya, Keita Miyakawa, Mishie Tanino, Yuji Nishikawa, Daisuke Koga, Tsuyoshi Watanabe, Chiho Maeda, Hidenori Karasaki, Andrew S Liss, Yusuke Mizukami, Toshikatsu Okumura

    Journal of Gastroenterology   57 ( 3 )   208 - 220   2022年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    BACKGROUND: Mutations in GNAS drive pancreatic tumorigenesis and frequently occur in intraductal papillary mucinous neoplasm (IPMN); however, their value as a therapeutic target is yet to be determined. This study aimed at evaluating the involvement of mutant GNAS in tumor aggressiveness in established pancreatic cancer. METHODS: CRISPR/Cas9-mediated GNAS R201H silencing was performed using human primary IPMN-associated pancreatic cancer cells. The role of oncogenic GNAS in tumor maintenance was evaluated by conducting cell culture and xenograft experiments, and western blotting and transcriptome analyses were performed to uncover GNAS-driven signatures. RESULTS: Xenografts of GNAS wild-type cells were characterized by a higher Ki-67 labeling index relative to GNAS-mutant cells. Phenotypic alterations in the GNAS wild-type tumors resulted in a significant reduction in mucin production accompanied by solid with massive stromal components. Transcriptional profiling suggested an apparent conflict of mutant GNAS with KRAS signaling. A significantly higher Notch intercellular domain (NICD) was observed in the nuclear fraction of GNAS wild-type cells. Meanwhile, inhibition of protein kinase A (PKA) induced NICD in GNAS-mutant IPMN cells, suggesting that NOTCH signaling is negatively regulated by the GNAS-PKA pathway. GNAS wild-type cells were characterized by a significant invasive property relative to GNAS-mutant cells, which was mediated through the NOTCH regulatory pathway. CONCLUSIONS: Oncogenic GNAS induces mucin production, not only via MUC2 but also via MUC5AC/B, which may enlarge cystic lesions in the pancreas. The mutation may also limit tumor aggressiveness by attenuating NOTCH signaling; therefore, such tumor-suppressing effects must be considered when therapeutically inhibiting the GNAS pathway.

    DOI: 10.1007/s00535-021-01846-4

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  • Effects of CREG1 on Age-Associated Metabolic Phenotypes and Renal Senescence in Mice. 査読 国際誌

    Michihiro Hashimoto, Ayumi Goto, Yuki Endo, Masataka Sugimoto, Jun Ueda, Hitoshi Yamashita

    International Journal of Molecular Sciences   22 ( 3 )   2021年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Cellular repressor of E1A-stimulated genes 1 (CREG1) is a secreted glycoprotein that accelerates p16-dependent cellular senescence in vitro. We recently reported the ability of CREG1 to stimulate brown adipogenesis using adipocyte P2-CREG1-transgenic (Tg) mice; however, little is known about the effect of CREG1 on aging-associated phenotypes. In this study, we investigated the effects of CREG1 on age-related obesity and renal dysfunction in Tg mice. Increased brown fat formation was detected in aged Tg mice, in which age-associated metabolic phenotypes such as body weight gain and increases in blood glucose were improved compared with those in wild-type (WT) mice. Blood CREG1 levels increased significantly in WT mice with age, whereas the age-related increase was suppressed, and its levels were reduced, in the livers and kidneys of Tg mice relative to those in WT mice at 25 months. Intriguingly, the mRNA levels of Ink4a, Arf, and senescence-associated secretory phenotype (SASP)-related genes and p38MAPK activity were significantly lowered in the aged kidneys of Tg mice, in which the morphological abnormalities of glomeruli as well as filtering function seen in WT kidneys were alleviated. These results suggest the involvement of CREG1 in kidney aging and its potential as a target for improving age-related renal dysfunction.

    DOI: 10.3390/ijms22031276

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  • A critical role of STING-triggered tumor-migrating neutrophils for anti-tumor effect of intratumoral cGAMP treatment. 査読 国際誌

    Marino Nagata, Akemi Kosaka, Yuki Yajima, Syunsuke Yasuda, Mizuho Ohara, Kenzo Ohara, Shohei Harabuchi, Ryusuke Hayashi, Hiroshi Funakoshi, Jun Ueda, Takumi Kumai, Toshihiro Nagato, Kensuke Oikawa, Yasuaki Harabuchi, Celis Esteban, Takayuki Ohkuri, Hiroya Kobayashi

    Cancer Immunology, Immunotherapy : CII   70 ( 8 )   2301 - 2312   2021年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Stimulator of interferon genes (STING) contributes to anti-tumor immunity by activating antigen-presenting cells and inducing mobilization of tumor-specific T cells. A role for tumor-migrating neutrophils in the anti-tumor effect of STING-activating therapy has not been defined. We used mouse tumor transplantation models for assessing neutrophil migration into the tumor triggered by intratumoral treatment with STING agonist, 2'3'-cyclic guanosine monophosphate-adenosine monophosphate (cGAMP). Intratumoral STING activation with cGAMP enhanced neutrophil migration into the tumor in an NF-κB/CXCL1/2-dependent manner. Blocking the neutrophil migration by anti-CXCR2 monoclonal antibody impaired T cell activation in tumor-draining lymph nodes (dLNs) and efficacy of intratumoral cGAMP treatment. Moreover, the intratumoral cGAMP treatment did not show any anti-tumor effect in type I interferon (IFN) signal-impaired mice in spite of enhanced neutrophil accumulation in the tumor. These results suggest that both neutrophil migration and type I interferon (IFN) induction by intratumoral cGAMP treatment were critical for T-cell activation of dLNs and the anti-tumor effect. In addition, we also performed in vitro analysis showing enhanced cytotoxicity of neutrophils by IFN-β1. Extrinsic STING activation triggers anti-tumor immune responses by recruiting and activating neutrophils in the tumor via two signaling pathways, CXCL1/2 and type I IFNs.

    DOI: 10.1007/s00262-021-02864-0

    PubMed

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  • Digital PCR-based plasma cell-free DNA mutation analysis for early-stage pancreatic tumor diagnosis and surveillance. 査読

    Tetsuhiro Okada, Yusuke Mizukami, Yusuke Ono, Hiroki Sato, Akihiro Hayashi, Hidemasa Kawabata, Kazuya Koizumi, Sakue Masuda, Shinichi Teshima, Kuniyuki Takahashi, Akio Katanuma, Yuko Omori, Hirotoshi Iwano, Masataka Yamada, Tomoki Yokochi, Shingo Asahara, Kazumichi Kawakubo, Masaki Kuwatani, Naoya Sakamoto, Katsuro Enomoto, Takuma Goto, Junpei Sasajima, Mikihiro Fujiya, Jun Ueda, Seiji Matsumoto, Kenzui Taniue, Ayumu Sugitani, Hidenori Karasaki, Toshikatsu Okumura

    Journal of Gastroenterology   55 ( 12 )   1183 - 1193   2020年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    BACKGROUND: Cell-free DNA (cfDNA) shed from tumors into the circulation offers a tool for cancer detection. Here, we evaluated the feasibility of cfDNA measurement and utility of digital PCR (dPCR)-based assays, which reduce subsampling error, for diagnosing pancreatic ductal adenocarcinoma (PDA) and surveillance of intraductal papillary mucinous neoplasm (IPMN). METHODS: We collected plasma from seven institutions for cfDNA measurements. Hot-spot mutations in KRAS and GNAS in the cfDNA from patients with PDA (n = 96), undergoing surveillance for IPMN (n = 112), and normal controls (n = 76) were evaluated using pre-amplification dPCR. RESULTS: Upon Qubit measurement and copy number assessment of hemoglobin-subunit (HBB) and mitochondrially encoded NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit 1 (MT-ND1) in plasma cfDNA, HBB offered the best resolution between patients with PDA relative to healthy subjects [area under the curve (AUC) 0.862], whereas MT-ND1 revealed significant differences between IPMN and controls (AUC 0.851). DPCR utilizing pre-amplification cfDNA afforded accurate tumor-derived mutant KRAS detection in plasma in resectable PDA (AUC 0.861-0.876) and improved post-resection recurrence prediction [hazard ratio (HR) 3.179, 95% confidence interval (CI) 1.025-9.859] over that for the marker CA19-9 (HR 1.464; 95% CI 0.674-3.181). Capturing KRAS and GNAS could also provide genetic evidence in patients with IPMN-associated PDA and undergoing pancreatic surveillance. CONCLUSIONS: Plasma cfDNA quantification by distinct measurements is useful to predict tumor burden. Through appropriate methods, dPCR-mediated mutation detection in patients with localized PDA and IPMN likely to progress to invasive carcinoma is feasible and complements conventional biomarkers.

    DOI: 10.1007/s00535-020-01724-5

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  • Protocadherin-7 contributes to maintenance of bone homeostasis through regulation of osteoclast multinucleation. 査読 国際誌

    Hyunsoo Kim, Noriko Takegahara, Matthew C Walsh, Jun Ueda, Yoshitaka Fujihara, Masahito Ikawa, Yongwon Choi

    BMB Reports   2020年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Osteoclasts are hematopoietic-derived cells that resorb bone. They are required to maintain proper bone homeostasis and skeletal strength. Although osteoclast differentiation depends on receptor activator of NF-κB ligand (RANKL) stimulation, additional molecules further contribute to osteoclast maturation. Here, we demonstrate that protocadherin-7 (Pcdh7) regulates formation of multinucleated osteoclasts and contributes to maintenance of bone homeostasis. We found that Pcdh7 expression is induced by RANKL stimulation, and that RNAi-mediated knockdown of Pcdh7 resulted in impaired formation of osteoclasts. We generated Pcdh7-deficient mice and found increased bone mass due to decreased bone resorption but without any defect in bone formation. Using an in vitro culture system, it was revealed that formation of multinucleated osteoclasts is impaired in Pcdh7-deficient cultures, while no apparent defects were observed in differentiation and function of Pcdh7-deficient osteoblasts. Taken together, these results reveal an osteoclast cell-intrinsic role for Pcdh7 in maintaining bone homeostasis.

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  • Defined oocyte collection time is critical for reproducible in vitro fertilization in rats of different strains. 査読

    Hino C, Ueda J, Funakoshi H, Matsumoto S

    Theriogenology   144   146 - 151   2020年1月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.theriogenology.2020.01.006

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  • IgSF11 regulates osteoclast differentiation through association with the scaffold protein PSD-95. 査読 国際誌

    Kim H, Takegahara N, Walsh MC, Middleton SA, Yu J, Shirakawa J, Ueda J, Fujihara Y, Ikawa M, Ishii M, Kim J, Choi Y

    Bone Research   8   5 - 5   2020年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41413-019-0080-9

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  • Forced expression of miR-143 and -145 in cardiomyocytes induces cardiomyopathy with a reductive redox shift. 査読 国際誌

    Kota Ogawa, Akiko Noda, Jun Ueda, Takehiro Ogata, Rumiko Matsuyama, Yuji Nishizawa, Shanlou Qiao, Satoru Iwata, Morihiro Ito, Yoshitaka Fujihara, Masatoshi Ichihara, Koichi Adachi, Yuji Takaoka, Takashi Iwamoto

    Cellular & Molecular Biology Letters   25 ( 1 )   40 - 40   2020年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLC  

    Background: Animal model studies show that reductive stress is involved in cardiomyopathy and myopathy, but the exact physiological relevance remains unknown. In addition, the microRNAs miR-143 and miR-145 have been shown to be upregulated in cardiac diseases, but the underlying mechanisms associated with these regulators have yet to be explored. Methods: We developed transgenic mouse lines expressing exogenous miR-143 and miR-145 under the control of the alpha-myosin heavy chain (αMHC) promoter/enhancer. Results: The two transgenic lines showed dilated cardiomyopathy-like characteristics and early lethality with markedly increased expression of miR-143. The expression of hexokinase 2 (HK2), a cardioprotective gene that is a target of miR-143, was strongly suppressed in the transgenic hearts, but the in vitro HK activity and adenosine triphosphate (ATP) content were comparable to those observed in wild-type mice. In addition, transgenic complementation of HK2 expression did not reduce mortality rates. Although HK2 is crucial for the pentose phosphate pathway (PPP) and glycolysis, the ratio of reduced glutathione (GSH) to oxidized glutathione (GSSG) was unexpectedly higher in the hearts of transgenic mice. The expression of gamma-glutamylcysteine synthetase heavy subunit (γ-GCSc) and the in vitro activity of glutathione reductase (GR) were also higher, suggesting that the recycling of GSH and its de novo biosynthesis were augmented in transgenic hearts. Furthermore, the expression levels of glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD, a rate-limiting enzyme for the PPP) and p62/SQSTM1 (a potent inducer of glycolysis and glutathione production) were elevated, while p62/SQSTM1 was upregulated at the mRNA level rather than as a result of autophagy inhibition. Consistent with this observation, nuclear factor erythroid-2 related factor 2 (Nrf2), Jun N-terminal kinase (JNK) and inositol-requiring enzyme 1 alpha (IRE1α) were activated, all of which are known to induce p62/SQSTM1 expression. Conclusions: Overexpression of miR-143 and miR-145 leads to a unique dilated cardiomyopathy phenotype with a reductive redox shift despite marked downregulation of HK2 expression. Reductive stress may be involved in a wider range of cardiomyopathies than previously thought.

    DOI: 10.1186/s11658-020-00232-x

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    その他リンク: http://link.springer.com/article/10.1186/s11658-020-00232-x/fulltext.html

  • Normal B cell development and Pax5 expression in Thy28/ThyN1-deficient mice. 査読 国際誌

    Kitaura F, Yuno M, Fujita T, Wakana S, Ueda J, Yamagata K, Fujii H

    PLOS ONE   14 ( 7 )   e0220199   2019年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1371/journal.pone.0220199

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  • Pathways of Progression From Intraductal Papillary Mucinous Neoplasm to Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Based on Molecular Features. 査読 国際誌

    Yuko Omori, Yusuke Ono, Mishie Tanino, Hidenori Karasaki, Hiroshi Yamaguchi, Toru Furukawa, Katsuro Enomoto, Jun Ueda, Atsuko Sumi, Jin Katayama, Miho Muraki, Kenzui Taniue, Kuniyuki Takahashi, Yoshiyasu Ambo, Toshiya Shinohara, Hiroshi Nishihara, Junpei Sasajima, Hiroyuki Maguchi, Yusuke Mizukami, Toshikatsu Okumura, Shinya Tanaka

    Gastroenterology   156 ( 3 )   647 - 661   2019年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    BACKGROUND & AIMS: Intraductal papillary mucinous neoplasms (IPMNs) are regarded as precursors of pancreatic ductal adenocarcinomas (PDAs), but little is known about the mechanism of progression. This makes it challenging to assess cancer risk in patients with IPMNs. We investigated associations of IPMNs with concurrent PDAs by genetic and histologic analyses. METHODS: We obtained 30 pancreatic tissues with concurrent PDAs and IPMNs, and 168 lesions, including incipient foci, were mapped, microdissected, and analyzed for mutations in 18 pancreatic cancer-associated genes and expression of tumor suppressors. RESULTS: We determined the clonal relatedness of lesions, based on driver mutations shared by PDAs and concurrent IPMNs, and classified the lesions into 3 subtypes. Twelve PDAs contained driver mutations shared by all concurrent IPMNs, which we called the sequential subtype. This subset was characterized by less diversity in incipient foci with frequent GNAS mutations. Eleven PDAs contained some driver mutations that were shared with concurrent IPMNs, which we called the branch-off subtype. In this subtype, PDAs and IPMNs had identical KRAS mutations but different GNAS mutations, although the lesions were adjacent. Whole-exome sequencing and methylation analysis of these lesions indicated clonal origin with later divergence. Ten PDAs had driver mutations not found in concurrent IPMNs, called the de novo subtype. Expression profiles of TP53 and SMAD4 increased our ability to differentiate these subtypes compared with sequencing data alone. The branch-off and de novo subtypes had substantial heterogeneity among early clones, such as differences in KRAS mutations. Patients with PDAs of the branch-off subtype had a longer times of disease-free survival than patients with PDAs of the de novo or the sequential subtypes. CONCLUSIONS: Detailed histologic and genetic analysis of PDAs and concurrent IPMNs identified 3 different pathways by which IPMNs progress to PDAs-we call these the sequential, branch-off, and de novo subtypes. Subtypes might be associated with clinical and pathologic features and be used to select surveillance programs for patients with IPMNs.

    DOI: 10.1053/j.gastro.2018.10.029

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  • A microfluidic device for isolating intact chromosomes from single mammalian cells and probing their folding stability by controlling solution conditions 査読

    Takahashi T, Okeyo KO, Ueda J, Yamagata K, Washizu M, Oana H

    Scientific Reports   8 ( 1 )   13684   2018年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41598-018-31975-5

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    その他リンク: http://www.nature.com/articles/s41598-018-31975-5

  • Chd2 regulates chromatin for proper gene expression toward differentiation in mouse embryonic stem cells 査読

    Yuichiro Semba, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Shinya Oki, Chikara Meno, Jun Ueda, Kazuo Yamagata, Atsushi Suzuki, Mitsuho Onimaru, Jumpei Nogami, Seiji Okada, Koichi Akashi, Yasuyuki Ohkawa

    Nucleic Acids Research   45 ( 15 )   8758 - 8772   2017年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nar/gkx475

    Web of Science

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  • Usp7-dependent histone H3 deubiquitylation regulates maintenance of DNA methylation. 査読 国際誌

    Luna Yamaguchi, Atsuya Nishiyama, Toshinori Misaki, Yoshikazu Johmura, Jun Ueda, Kyohei Arita, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Makoto Nakanishi

    Scientific Reports   7 ( 1 )   55 - 55   2017年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Uhrf1-dependent histone H3 ubiquitylation plays a crucial role in the maintenance of DNA methylation via the recruitment of the DNA methyltransferase Dnmt1 to DNA methylation sites. However, the involvement of deubiquitylating enzymes (DUBs) targeting ubiquitylated histone H3 in the maintenance of DNA methylation is largely unknown. With the use of Xenopus egg extracts, we demonstrate here that Usp7, a ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, forms a stable complex with Dnmt1 and is recruited to DNA methylation sites during DNA replication. Usp7 deubiquitylates ubiquitylated histone H3 in vitro. Inhibition of Usp7 activity or its depletion in egg extracts results in enhanced and extended binding of Dnmt1 to chromatin, suppressing DNA methylation. Depletion of Usp7 in HeLa cells causes enhanced histone H3 ubiquitylation and enlargement of Dnmt1 nuclear foci during DNA replication. Our results thus suggest that Usp7 is a key factor that regulates maintenance of DNA methylation.

    DOI: 10.1038/s41598-017-00136-5

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  • A Genetically Encoded Probe for Live-Cell Imaging of H4K20 Monomethylation 査読

    Yuko Sato, Tomoya Kujirai, Ritsuko Arai, Haruhiko Asakawa, Chizuru Ohtsuki, Naoki Horikoshi, Kazuo Yamagata, Jun Ueda, Takahiro Nagase, Tokuko Haraguchi, Yasushi Hiraoka, Akatsuki Kimura, Hitoshi Kurumizaka, Hiroshi Kimura

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY   428 ( 20 )   3885 - 3902   2016年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ACADEMIC PRESS LTD- ELSEVIER SCIENCE LTD  

    Eukaryotic gene expression is regulated in the context of chromatin. Dynamic changes in post-translational histone modification are thought to play key roles in fundamental cellular functions such as regulation of the cell cycle, development, and differentiation. To elucidate the relationship between histone modifications and cellular functions, it is important to monitor the dynamics of modifications in single living cells. A genetically encoded probe called mintbody (modification-specific intracellular antibody), which is a single-chain variable fragment tagged with a fluorescent protein, has been proposed as a useful visualization tool. However, the efficacy of intracellular expression of antibody fragments has been limited, in part due to different environmental conditions in the cytoplasm compared to the endoplasmic reticulum where secreted proteins such as antibodies are folded. In this study, we have developed a new mintbody specific for histone H4 Lys20 monomethylation (H4K2Ome1). The specificity of the H4K2Ome1-mintbody in living cells was verified using yeast mutants and mammalian cells in which this target modification was diminished. Expression of the H4K20me1-mintbody allowed us to monitor the oscillation of H4K2Ome1 levels during the cell cycle. Moreover, dosage-compensated X chromosomes were visualized using the H4K20me1-mintbody in mouse and nematode cells. Using X-ray crystallography and mutational analyses, we identified critical amino acids that contributed to stabilization and/or proper folding of the mintbody. Taken together, these data provide important implications for future studies aimed at developing functional intracellular antibodies. Specifically, the H4K2Ome1-mintbody provides a powerful tool to track this particular histone modification in living cells and organisms. (C) 2016 The Authors. Published by Elsevier Ltd. This is an open access article under the CC BY license (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/).

    DOI: 10.1016/j.jmb.2016.08.010

    Web of Science

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  • A genetic and developmental pathway from STAT3 to the OCT4-NANOG circuit is essential for maintenance of ICM lineages in vivo. 査読

    Do DV, Ueda J, Messerschmidt DM, Lorthongpanich C, Zhou Y, Feng B, Guo G, Lin PJ, Hossain MZ, Zhang W, Moh A, Wu Q, Robson P, Ng HH, Poellinger L, Knowles BB, Solter D, Fu XY

    Genes & Development   27 ( 12 )   1378 - 1390   2013年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1101/gad.221176.113

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  • PRDM14 ensures naive pluripotency through dual regulation of signaling and epigenetic pathways in mouse embryonic stem cells. 査読 国際誌

    Masashi Yamaji, Jun Ueda, Katsuhiko Hayashi, Hiroshi Ohta, Yukihiro Yabuta, Kazuki Kurimoto, Ryuichiro Nakato, Yasuhiro Yamada, Katsuhiko Shirahige, Mitinori Saitou

    Cell Stem Cell   12 ( 3 )   368 - 82   2013年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    In serum, mouse embryonic stem cells (mESCs) fluctuate between a naive inner cell mass (ICM)-like state and a primed epiblast-like state, but when cultured with inhibitors of the mitogen-activated protein kinase (MAPK) and glycogen synthase kinase 3 pathways (2i), they are harnessed exclusively in a distinct naive pluropotent state, the ground state, that more faithfully recapitulates the ICM. Understanding the mechanism underlying this naive pluripotent state will be critical for realizing the full potential of ESCs. We show here that PRDM14, a PR-domain-containing transcriptional regulator, ensures naive pluripotency through a dual mechanism: antagonizing activation of the fibroblast growth factor receptor (FGFR) signaling by the core pluripotency transcriptional circuitry, and repressing expression of de novo DNA methyltransferases that modify the epigenome to a primed epiblast-like state. PRDM14 exerts these effects by recruiting polycomb repressive complex 2 (PRC2) specifically to key targets and repressing their expression.

    DOI: 10.1016/j.stem.2012.12.012

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  • MiR-200b and miR-429 function in mouse ovulation and are essential for female fertility 査読

    Hidetoshi Hasuwa, Jun Ueda, Masahito Ikawa, Masaru Okabe

    Science   341 ( 6141 )   71 - 73   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:American Association for the Advancement of Science  

    DOI: 10.1126/science.1237999

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  • Genetically encoded system to track histone modification in vivo. 査読 国際誌

    Yuko Sato, Masanori Mukai, Jun Ueda, Michiko Muraki, Timothy J Stasevich, Naoki Horikoshi, Tomoya Kujirai, Hiroaki Kita, Taisuke Kimura, Seiji Hira, Yasushi Okada, Yoko Hayashi-Takanaka, Chikashi Obuse, Hitoshi Kurumizaka, Atsuo Kawahara, Kazuo Yamagata, Naohito Nozaki, Hiroshi Kimura

    Scientific reports   3   2436 - 2436   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Post-translational histone modifications play key roles in gene regulation, development, and differentiation, but their dynamics in living organisms remain almost completely unknown. To address this problem, we developed a genetically encoded system for tracking histone modifications by generating fluorescent modification-specific intracellular antibodies (mintbodies) that can be expressed in vivo. To demonstrate, an H3 lysine 9 acetylation specific mintbody (H3K9ac-mintbody) was engineered and stably expressed in human cells. In good agreement with the localization of its target acetylation, H3K9ac-mintbody was enriched in euchromatin, and its kinetics measurably changed upon treatment with a histone deacetylase inhibitor. We also generated transgenic fruit fly and zebrafish stably expressing H3K9ac-mintbody for in vivo tracking. Dramatic changes in H3K9ac-mintbody localization during Drosophila embryogenesis could highlight enhanced acetylation at the start of zygotic transcription around mitotic cycle 7. Together, this work demonstrates the broad potential of mintbody and lays the foundation for epigenetic analysis in vivo.

    DOI: 10.1038/srep02436

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  • Dual Inhibition of Src and GSK3 Maintains Mouse Embryonic Stem Cells, Whose Differentiation is Mechanically Regulated by Src Signaling 査読

    Takeshi Shimizu, Jun Ueda, Jolene Caifeng Ho, Katsuhiko Iwasaki, Lorenz Poellinger, Ichiro Harada, Yasuhiro Sawada

    Stem Cells   30 ( 7 )   1394 - 1404   2012年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/stem.1119

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  • De novo DNA methylation promoted by G9a prevents reprogramming of embryonically silenced genes 査読

    Silvina Epsztejn-Litman, Nirit Feldman, Monther Abu-Remaileh, Yoel Shufaro, Ariela Gerson, Jun Ueda, Rachel Deplus, Francois Fuks, Yoichi Shinkai, Howard Cedar, Yehudit Bergman

    Nature Structural & Molecular Biology   15 ( 11 )   1176 - 1183   2008年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/nsmb.1476

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  • Identification of ZNF200 as a novel binding partner of histone H3 methyltransferase G9a 査読

    Miki Nishida, Masaki Kato, Yasuko Kato, Nobuhiro Sasai, Jun Ueda, Makoto Tachibana, Yoichi Shinkai, Masamitsu Yamaguchi

    Genes to Cells   12 ( 7 )   877 - 888   2007年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1111/j.1365-2443.2007.01098.x

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  • 新規亜鉛フィンガー蛋白質WizのG9a/GLP複合体での役割 査読

    上田潤

    京都大学   2006年9月

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    記述言語:日本語   掲載種別:学位論文(博士)  

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  • Histone methyltransferases G9a and GLP form heteromeric complexes and are both crucial for methylation of euchromatin at H3-K9 査読

    M Tachibana, J Ueda, M Fukuda, N Takeda, T Ohta, H Iwanari, T Sakihama, T Kodama, T Hamakubo, Y Shinkai

    Genes & Development   19 ( 7 )   815 - 826   2005年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1101/gad.1284005

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  • G9a histone methyltransferase plays a dominant role in euchromatic histone H3 lysine 9 methylation and is essential for early embryogenesis 査読

    M Tachibana, K Sugimoto, M Nozaki, J Ueda, T Ohta, M Ohki, M Fukuda, N Takeda, H Niida, H Kato, Y Shinkai

    Genes & Development   16 ( 14 )   1779 - 1791   2002年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1101/gad989402

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書籍等出版物

  • エピジェネティクス

    培風館  2010年5月  ( ISBN:4563078077

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    総ページ数:573  

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MISC

  • Transfusions of Blood Products Derived from Genetic Vaccine Recipients: Safety Concerns and Proposals for Specific Measures

    Jun Ueda, Hideyuki Motohashi, Yuriko Hirai, Kenji Yamamoto, Yasufumi Murakami, Masanori Fukushima, Akinori Fujisawa

    2024年5月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:機関テクニカルレポート,技術報告書,プレプリント等   出版者・発行元:MDPI AG  

    The World Health Organization declared the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic in 2020, following which a global genetic vaccination program has been rapidly implemented as a fundamental solution. However, it has been reported worldwide that the modified mRNAs encoding spike proteins and lipid nanoparticles, which are used as drug delivery systems, not only cause thrombosis and cardiovascular disorders post vaccination, but might also cause diverse diseases involving all organs and systems, including the nervous system. Furthermore, the toxicity and pathogenicity of spike proteins may necessitate defining these proteins as nonbiological infective material. Based on these reports and the abundant evidence that has come to light in the past few years, this paper aims to draw the attention of medical professionals to the various risks associated with transfusion using blood products derived from long COVID patients or from genetic vaccine recipients, and to make proposals regarding specific inspection items, testing methods, regulations, etc. This paper provides insights to address the post-vaccination syndrome and its consequences following such genetic vaccination programs.

    添付ファイル: Ueda et al. preprints202403.0881.v2.pdf

    DOI: 10.20944/preprints202403.0881.v2

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  • 染色体に魅せられて 招待

    上田潤

    ANTENNA   136   9 - 9   2017年4月

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    記述言語:日本語  

    添付ファイル: Antenna.pdf

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  • 無精子症 関連の遺伝子特定

    朝日新聞, 日朝刊, 月舘彩子記

    2017年1月

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    記述言語:日本語  

    添付ファイル: 朝日新聞朝刊.pdf

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  • 男性不妊症(無精子症)の原因の一端を解明:生物界で広く保存されたヒストンの異型種が精子幹細胞の機能に必須であった!

    プレスリリース

    2017年1月

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    記述言語:日本語  

    添付ファイル: 研究成果プレスリリース.pdf

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  • 「オフ」で光るマウス作製

    朝日新聞(2014年6月12日朝刊・科学面)   2014年6月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)  

    添付ファイル: 朝日新聞記事.pdf

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  • 阪大、 DNAメチル化の変動を可視化できるマウス「メチロー」 を作製

    日経バイオテク   2014年6月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)  

    添付ファイル: 日経バイオテク.pdf

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  • 細胞の化学変化 生物体内で観察

    日経新聞・朝刊   2014年6月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(商業誌、新聞、ウェブメディア)  

    添付ファイル: 日経新聞記事.pdf

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  • エピゲノム編集医薬の展望:クロマチン可塑性と送達技術が拓く次世代治療

    上田潤, 船越洋

    Medical Science Digest   51 ( 5 )   215 - 219   2025年5月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • エピゲノム編集を用いた遺伝性疾患の新規治療法の開発に向けて

    上田潤, 船越洋

    月刊「細胞」   57 ( 1 )   37 - 41   2025年1月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • エピゲノム編集による新しい遺伝性疾患の治療法の開発に向けて

    上田 潤, 船越 洋

    BIO Clinica   39 ( 12 )   49 - 53   2024年10月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • 「精巣だけで発現するヒストン異型種の機能解析を可能にする新規のバイオリソースを開発!」

    プレスリリース

    2024年9月

  • ヘテロクロマチンによる心筋細胞の分裂抑制—Heterochromatin-mediated inhibition of cardiac proliferation—研究者の最新動向

    小山 恭平, 上田 潤, 紙谷 寛之

    Precision medicine = プレシジョンメディシン / 「Precision medicine」編集委員会 編   6 ( 10 )   810 - 815   2023年9月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:東京 : 北隆館  

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  • 脂肪組織特異的CREG1-Tgマウスを利用した老化研究 招待

    橋本理尋, 上田潤, 山下均

    月刊「細胞」   52 ( 11 )   41 - 45   2020年10月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • Detection of Cell Nuclei using LadderNet

    Ren Ando, Yuji Iwahori, Shinji Fukui, Aili Wang, M. K. Bhuyan, Takashi Iwamoto, Jun Ueda

    2020 9th International Congress on Advanced Applied Informatics (IIAI-AAI)   467 - 470   2020年9月

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    担当区分:最終著者   記述言語:英語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(国際会議プロシーディングズ)   出版者・発行元:IEEE  

    DOI: 10.1109/iiai-aai50415.2020.00099

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  • Classification of Cell Nuclei Using CNN Features

    Yuji Iwahori, Yuya Tsukada, Takashi Iwamoto, Kenji Funahashi, Jun Ueda, M. K. Bhuyan

    Studies in Computational Intelligence   195 - 208   2019年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(国際会議プロシーディングズ)   出版者・発行元:Springer International Publishing  

    DOI: 10.1007/978-3-030-25213-7_13

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  • Classification of Benign or Malignant Cell Nuclei using Nucleolus

    Noriaki Kobayashi, Yuji Iwahori, Takashi Iwamoto, Jun Ueda, Boonserm Kijsirikul, Aili Wang

    2019 8th International Congress on Advanced Applied Informatics (IIAI-AAI)   579 - 582   2019年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(国際会議プロシーディングズ)   出版者・発行元:IEEE  

    DOI: 10.1109/iiai-aai.2019.00123

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  • Contour-Aware Residual W-Net for Nuclei Segmentation

    Sushmita Das, Ankur Deka, Yuji Iwahori, M.K. Bhuyan, Takashi Iwamoto, Jun Ueda

    Procedia Computer Science   159   1479 - 1488   2019年

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    担当区分:最終著者   記述言語:英語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(国際会議プロシーディングズ)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    DOI: 10.1016/j.procs.2019.09.318

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  • IPMNの分子基盤はどこまでわかったか 招待

    河端秀賢, 水上裕輔, 岡田哲弘, 佐藤裕基, 林明宏, 後藤拓磨, 上田潤, 小野裕介, 唐崎秀則, 奥村利勝

    肝胆膵   77 ( 5 )   1003 - 1009   2018年11月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • ヘテロクロマチンによる心筋細胞の分裂抑制—Heterochromatin-mediated inhibition of cardiac proliferation—研究者の最新動向

    小山 恭平, 上田 潤, 紙谷 寛之

    Precision medicine = プレシジョンメディシン / 「Precision medicine」編集委員会 編   1 ( 2 )   204 - 209   2018年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:東京 : 北隆館  

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    その他リンク: http://id.ndl.go.jp/bib/030214937

  • ヘテロクロマチンによる心筋細胞の分裂抑制 招待

    小山恭平, 上田潤, 紙谷寛之

    Precision Medicine   1 ( 2 )   215 - 220   2018年11月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • ラット体外受精卵を用いたエレクトロポレーションによるゲノム編集動物の作製

    日野千紘, 藤倉大輔, 上田潤, 船越洋

    日本実験動物技術者協会総会講演要旨集   52nd   113   2018年9月

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    記述言語:日本語  

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  • ヒストンバリアントとがん〜がん微小環境とエピゲノムを繋ぐもの〜 招待

    上田潤, 水上裕輔, 大栗敬幸

    月刊「細胞」   50 ( 5 )   52 - 56   2018年5月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • マイクロRNA導入マウスに発症した拡張型心筋症におけるACE/IGF1受容体シグナルの解析

    小川剛太, 松山留美子, 上田潤, 喬善楼, 野田明子, 小形岳寛, 岩本隆司

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   41st   2018年

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  • 単一ES細胞の分化分裂過程におけるメチル化DNA動態の観察法の検討

    池田善貴, 穂井田謙介, 上田潤, 古谷駿治, 野老美紀子, 細井美彦, 山縣一夫

    第40回 日本分子生物学会   2017年12月

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    生きたままメチル化DNAを可視化することが出来る「MethylRO」マウス由来の胚性幹細胞を用いて、イメージング条件下で単一細胞状態からエピブラスト様細胞に分化・分裂誘導が可能な系の構築について概説する

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  • Direct Observation-based Analysis of Compaction Stability of Individual Chromosomes Isolated from Single Mammalian Cells

    Hidehiro Oana, Tomohiro Takahashi, Kennedy O. Okeyo, Jun Ueda, Masao Washizu

    21st International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (MicroTAS 2017)   116 - 117   2017年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)  

    Scopus

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  • 旭川医科大学動物施設におけるNOGマウス室設置

    清水範彦, 早川寿行, 日野千紘, 高橋寿明, 上田潤, 藤倉大輔, 船越洋

    日本実験動物技術者協会総会講演要旨集   51st   108   2017年9月

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    記述言語:日本語  

    J-GLOBAL

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  • Quatification of methylated DNA dynamics during duplication and differentiation in single ES cell.

    Kensuke Hoida, Jun Ueda, Zenki Ikeda, Syunji Furuya, Mikiko Tokoro, Yoshihiko Hosoi, Kazuo Yamagata

    HMGU-Japan Epigenetics and Chromatin Meeting, Helmholtz Zentrum München   2017年9月

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  • 単一ES細胞の分化分裂過程におけるメチル化DNA動態の定量的観察(世界体外受精会議記念賞候補演題(基礎))

    穂井田謙介, 上田潤, 池田善貴, 古谷駿世界体外受精会議記念賞候補演, 野老美紀子, 細井美彦, 山縣一夫

    第35回 日本受精着床学会総会   2017年7月

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  • ヒストンバリアントとがん

    上田潤, 大栗敬幸

    月刊「細胞」   49 ( 8 )   30 - 34   2017年7月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • Extraction of Cell Nuclei using CNN Features 査読

    Yuya Tsukada, Yuji Iwahori, Kenji Funahashi, Mami Jose, Jun Ueda, Takashi Iwamoto

    Procedia Computer Science   112   1633 - 1640   2017年

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    記述言語:英語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(国際会議プロシーディングズ)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    DOI: 10.1016/j.procs.2017.08.255

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  • マイクロRNA導入マウスに発症した拡張型心筋症における還元ストレスの解析

    小川剛汰, 松山留美子, 喬善楼, 小形岳寛, 上田潤, 岩本隆司

    日本生化学会大会(Web)   90th   2017年

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  • 1細胞・染色体単離技術に基づいた細胞の分化度と染色体構造安定性との相関の解析

    高橋智博, ケネディ オケヨ, 上田潤, 鷲津正夫, 小穴英廣

    化学とマイクロ・ナノシステム学会研究会講演要旨集   35th   2017年

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  • メチローマウス由来単一ES細胞におけるメチル化DNA動態の動的観察法の開発

    穂井田謙介, 上田潤, 山田健, 野老美紀子, 細井美彦, 山縣一夫

    第39回 日本分子生物学会年会   2016年12月

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  • エピジェネティクス動態−環境の変化や刺激に応答して変化する細胞記憶−

    上田潤

    中部大学生命健康科学研究所紀要   12   73 - 76   2016年3月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(大学・研究所紀要)  

    添付ファイル: L01_012_073.pdf

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  • Pasteurella pneumotropica感染後の対応について−ソフト酸化水を使用したクリーニング操作の検討−

    長原美樹, 松永歩, 藤田芳顕, 上瀬茉美, 石坂みゆき, 上田潤, 岩本隆司

    中部大学生命健康科学研究所紀要   12   92 - 95   2016年3月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(大学・研究所紀要)  

    添付ファイル: L01_012_092.pdf

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  • Dynamics of methylated DNA in ES cell replication and differentiation revealed by live-cell imaging.

    穂井田謙介, 上田潤, 大日向康秀, 財田大地, 野老美紀子, 細井美彦, 山縣一夫

    International Symposium on Epigenome Dynamics and Regulation in Germ Cell   2016年2月

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  • Direct acquisition of genome-wide epigenetic information along intact chromatin fibers of individual chromosomes isolated from single mammalian cells 査読

    Takahashi T., Okeyo K.O., Washizu M., Ueda J., Oana H.

    20th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences, MicroTAS 2016   182 - 183   2016年

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    記述言語:英語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(国際会議プロシーディングズ)  

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  • 動物細胞クロマチンファイバーに対する化学修飾および凝縮部の光マッピング

    高橋智博, オケヨ ケネディ, 鷲津正夫, 上田潤, 小穴英廣

    化学とマイクロ・ナノシステム学会研究会講演要旨集   34th   2016年

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  • ライブセルイメージングを用いた胚の質の定量的評価法と応用 招待 査読

    八尾竜馬, 上田潤, 小林徹也, 堀真由子, 山縣一夫

    Journal of Mammalian Ova Research   32 ( 4 )   149 - 157   2015年10月

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    記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

    DOI: 10.1274/jmor.32.149

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  • ここが世界の最先端!第2回 ヒストンバリアント研究会

    有村泰宏

    33 ( 11 )   1829 - 1832   2015年7月

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    記述言語:日本語  

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  • 生体応答や病変の動的解析をめざしたメチル化DNAレポーターマウス”メチロー”の開発 招待

    上田潤, 山縣一夫

    医学のあゆみ   253 ( 6 )   523 - 524   2015年5月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • 成人T細胞白血病リンパ腫に於ける 細胞DNAメチル化の変動解析 査読

    岡 剛史, 大内田 守, 岡田 康志, 上田 潤, 山縣 一夫, 吉野 正

    日本病理学会会誌   104 ( 1 )   494 - 494   2015年3月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(全国大会,その他学術会議)  

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  • DNAメチル化レポーターマウス「メチロー」を用いたメチル化DNAの動態解析法 招待

    上田潤, 前原一満, 大川恭行, 山縣一夫

    実験医学   33 ( 3 )   481 - 489   2015年2月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • 成人T細胞白血病リンパ腫に於けるDNAメチル化の動的変動(Dynamic changes of DNA methylation in adult T cell leukemia/lymphoma (ATL)) 査読

    岡 剛史, 大内田 守, 岡田 康志, 上田 潤, 山縣 一夫, 吉野 正

    日本癌学会総会記事   73   E - 1032   2014年9月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(全国大会,その他学術会議)  

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  • 学会報告(Keystone Symposia “Chromatin Mechanisms and Cell Physiology”) 招待

    上田潤

    日本エピジェネティクス研究会ニュース   ( 32 )   2014年4月

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    記述言語:日本語   掲載種別:会議報告等  

    添付ファイル: NewsNo32.pdf

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  • Imaging global epigenetic dynamics during mouse pre-implantation development

    Jun Ueda, Kazuo Yamagata

    GENES & GENETIC SYSTEMS   88 ( 6 )   335 - 335   2013年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)  

    Web of Science

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  • 低酸素とエピジェネティクス 招待

    上田潤, 三村維真理

    月刊「細胞」   45 ( 9 )   13 - 16   2013年7月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • ES細胞のできるまで

    山縣一夫, 上田潤, 水谷英二, 斎藤通紀, 若山照彦

    J Reprod Dev   58 ( Suppl Japanese Issue )   J101 - 116   2012年8月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本繁殖生物学会  

    【目的】ES細胞は胚盤胞期胚の内部細胞塊に由来する。しかし,全ての胚から必ず樹立できるわけではなく、その過程には不明な点が多い。元来、樹立は培養環境に大きく作用される「デリケート」なプロセスと思われており,これまでその過程については詳細に観察されてこなかった。そこで,以前にわれわれが開発した「細胞にやさしい」ライブセルイメージング技術を用いて,初期胚からES細胞が樹立される過程の連続観察を行った。【方法】Oct3/4遺伝子プロモーター下流にEGFP遺伝子をつないだコンストラクトで作製したトランスジェニックマウス(Ohno et al., 2003)をリポーターに用いた。自然交配で得られた桑実期胚をガラスボトムディッシュ中のフィーダー細胞上に乗せた。それらをイメージング顕微鏡のインキュベータチャンバーに移し,10日間の蛍光4次元観察を行った。樹立されたES様細胞は継代し,キメラマウスの作製を行なうことで多分化能を確認した。【結果】桑実期胚では全ての割球がOct3/4陽性であったが,内腔を生じ十分に膨らんだ胚盤胞期胚では栄養外胚葉でのシグナルが徐々に減弱し,結果的に内部細胞塊にのみシグナルが見られた。その後,栄養外胚葉の細胞は大規模なアポトーシスを起こし消失した。ここまでは比較的どの胚でも同じであったが,これ以降の挙動に胚ごとの差異が見られた。栄養外胚葉細胞のアポトーシスにともなって,内部細胞塊のOct3/4陽性細胞も一部はアポトーシスを起こし,たとえ少数でも生き残こればそこからES様細胞の成長が見られた。一方,Oct3/4陽性細胞すべてが消失したものや,Oct3/4陰性細胞からは樹立できなかった。カスパーゼ阻害剤であるZ-VAD-FMKを培地中に加えると,Oct3/4陽性細胞の減少が抑えられ,結果的に樹立成績が上がった。また,樹立成績を大きく上昇させることで知られている分化抑制剤である3iを培地に加えると,Oct3/4陽性細胞のアポトーシスが起きず,ES様細胞樹立の速度や成功率が向上した。

    DOI: 10.14882/jrds.105.0_116

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  • 抗H3K9me2抗体を用いた培養細胞の免疫染色 招待

    上田潤

    CSTジャパン株式会社   2009年

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    記述言語:日本語   掲載種別:機関テクニカルレポート,技術報告書,プレプリント等  

    添付ファイル: CST_Application_71.pdf

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  • 細胞分化とクロマチン〜ヒストンのメチル化修飾がエピジェネティクスに果たす役割〜 招待

    上田潤, 眞貝洋一

    蛋白質 核酸 酵素   51   2096 - 2101   2006年11月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

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  • ヒストンメチル化酵素G9a, GLP 両方共に結合する 新規転写抑制因子Wiz の機能解析 査読

    上田潤, 立花誠, 井倉毅, 眞貝洋一

    第28回日本分子生物学会年会、福岡、2005.   2005年

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    記述言語:日本語  

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講演・口頭発表等

  • 腫瘍形成過程、発生過程でのエピジェネティクス・クロマチン動態解析

    上田潤

    浜松医科大学 分子生物学講座主催 講演会  2016年2月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  • Mouse Testis Specific Histone H3 Variant, H3mmT Is Essential for Spermatogenesis and Ensures the Entry into Meiosis 国際会議

    上田潤

    International Symposium on Chromatin Structure, Dynamics, and Function  2015年8月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 精巣特異的ヒストンH3バリアントH3tの精子形成過程での役割解明〜ゲノム編集による動物作出と解析〜

    上田潤

    旭医若者・研究者の会第9回交流会  2017年5月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  • 遺伝子組換えマウスを用いた,発生・分化過程でのエピジェネティクス・クロマチン動態解析 招待

    上田潤

    名古屋市立大学大学院 医学研究科セミナー  2016年7月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  • Extraction of Cell Nuclei using CNN Features 国際会議

    Tsukada Y, Iwahori Y, Funahashi K, Jose M, Ueda J, Iwamoto T

    21st International Conference on Knowledge-Based and Intelligent Information & Engineering Systems  2017年9月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • Testis-Specific Histone Variant H3t Gene is Essential for Entry into Spermatogenesis. 招待 国際会議

    Jun Ueda

    Society for the Study of Reproduction 2017 Annual Meeting  2017年7月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  • 精巣特異的ヒストンH3バリアントH3tの精子形成過程での役割解明に向けて

    上田 潤

    北海道大学 生命分子化学セミナー  2017年11月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  • 精巣特異的ヒストンH3バリアントH3tの精子形成過程での役割解明に向けて

    上田 潤

    基礎生物学研究所 部門公開セミナー  2017年10月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  • Imaging global epigenetic dynamics during mouse pre-implantation development 招待

    上田潤, 山縣一夫

    日本遺伝学会 第85回大会  2013年9月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 腫瘍形成過程、発生過程でのエピジェネティクス動態解析

    上田潤

    名古屋市立大学大学院 第94回 システム自然科学研究科セミナー  2013年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  • Heterochromatin dynamics during differentiation process revealed by DNA methylation reporter mouse, MethylRO 国際会議

    Jun Ueda, Kazumitsu Maehara, Daisuke Mashiko, Takako Ichinose, Tatsuma Yao, Mayuko Hori, Yasuyuki Ohkawa, Kazuo Yamagata

    Keystone Symposia, Chromatin Mechanisms and Cell Physiology  2014年3月  Thomas Jenuwein and Shelley L. Berger

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Oberstdorf, Germany  

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  • Hypoxia mediates tumourigenesis epigenetically via the H3K9 methylation regulators G9a and Jmjd1a 国際会議

    Jolene Caifeng Ho, Jun Ueda, Kian Leong Lee, Shojiro Kitajima, Henry Yang, Wendi Sun, Noriko Fukuhara, Norazean Zaiden, Shing Leng Chan, Makoto Tachibana, Yoichi Shinkai, Hiroyuki Kato, Lorenz Poellinger

    Keystone Symposia "Sensing and Signaling of Hypoxia: Interfaces with Biology and Medicine"  2014年1月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • Survival and death of epiblast cells in ES derivation process revealed by long-term live-cell imaging of Oct4 reporter system. 国際会議

    Ueda J, Yamagata K, Mizutani E, Saitou M, Wakayama T

    Stem Cell Society Singapore Symposium  2009年 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • Wiz, a novel transcriptional co-repressor, links G9a/GLP histone methyltransferases to CtBP co-repressors. 国際会議

    Ueda J, Tachibana M, Shinkai Y

    Keystone Symposia “Epigentics and Chromatin Remodeling in Development”  2006年1月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • 腫瘍形成過程、発生過程でのエピジェネティクス動態解析 招待

    上田潤

    第一回低酸素研究会、東京  2013年7月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  • Role of the Hypoxia-Inducible Histone H3K9 Demethylase Jmjd1a and the H3K9 Methyltransferase G9a in Stem Cell Self-Renewal and Tumorigenesis. 国際会議

    Jun Ueda, Kian Leong Lee, Jolene Caifeng Ho, Henry Yang, Noriko Fukuhara, Shing Leng Chan, Makoto Tachibana, Yoichi Shinkai, Hiroyuki Kato, Lorenz Poellinger

    Keystone Symposia “Advances in Hypoxic Signaling”  2012年2月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • 腫瘍形成過程、発生過程でのエピジェネティクス動態解析 招待

    上田潤

    第3回がんと代謝研究会  2015年7月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 腫瘍形成過程、発生過程でのエピジェネティクス・クロマチン動態解析

    上田潤

    金沢大学 ゲノム機能解析分野サイエンスセミナー(第28回生命工学トレーニングコース)  2015年7月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  • 常夏の国シンガポールでの短すぎた人生の夏休み 招待

    上田潤

    新学術領域研究「クロマチン動構造」若手の会 第三回ワークショップ、クロマチン研究最前線〜海外での研究生活で学んだことを活かして〜  2015年7月 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  • Heterochromatin dynamics during differentiation process revealed by the DNA methylation reporter mouse, MethylRO. 国際会議

    Ueda, J, Maehara, K, Mashiko, D, Ichinose, T, Yao, T, Hori, M, Sato, Y, Kimura, H, Ohkawa, Y, Yamagata, K

    IIAS Research Conference 2014 ‘Chromatin Decoding’  2014年5月 

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    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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  • Heterochromatin dynamics during differentiation process revealed by the DNA methylation reporter mouse, MethylRO 招待

    上田潤

    第1回名市大エピジェネティクス研究会  2014年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  • メチロー登場! 生きたままメチル化DNAの変化を捉える 招待

    上田潤

    微研 夏の学校  2014年8月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  • マウス精巣特異的ヒストンH3バリアントH3mmTの精子形成過程での役割解明 招待

    上田潤

    第2回ヒストンバリアント研究会  2015年2月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • The hypoxia-inducible epigenetic regulators Jmjd1a and G9a provide a mechanistic link between angiogenesis and tumor growth. 招待

    上田 潤, Jolene Ho, Kian Leong Lee, 北島 正二朗, Henry Yang, Wendi Sun, 福原 寛子, Norazean Zaiden, Shing Leng Chan, 立花 誠, 眞貝 洋一, 加藤 宏幸, Lorenz Poellinger

    第37回 日本分子生物学会年会 「生体酸素ダイナミクスの感知・応答研究の最先端」  2014年10月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • DNAメチル化レポーターマウス「メチロー」を用いたメチル化DNAの動態解析

    上田潤

    中部大学 応用生物学部 研究・教育交流会 第24回 O-say Open Seminar  2015年5月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  • 腫瘍形成過程、発生・分化過程でのエピジェネティクス動態解析 招待

    上田潤

    第14回日本再生医療学会総会  2015年3月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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共同研究・競争的資金等の研究課題

  • ヒストンH3tを含有した精巣特異的ヌクレオソーム及びクロマチン構造と機能の解明

    2025年4月 - 2026年3月

    公益財団法人 秋山記念生命科学振興財団  2025年度 研究助成(一般) 

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    担当区分:研究代表者 

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  • 精巣特異的ヒストンバリアントH3tのヒストンコード解明

    研究課題/領域番号:25NIBB325  2025年4月 - 2026年3月

    大学共同利用機関法人 自然科学研究機構 基礎生物学研究所  共同利用研究,個別共同利用研究 

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    担当区分:研究代表者 

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  • 精巣特異的ヒストンバリアントH3tのヒストンコード解明

    研究課題/領域番号:24NIBB333  2024年4月 - 2025年3月

    大学共同利用機関法人 自然科学研究機構 基礎生物学研究所  共同利用研究,個別共同利用研究 

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    担当区分:研究代表者 

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  • 精巣特異的ヒストンバリアントH3tのヒストンコード解明

    研究課題/領域番号:23NIBB319  2023年4月 - 2024年3月

    大学共同利用機関法人 自然科学研究機構 基礎生物学研究所  2023年度共同利用研究,個別共同利用研究 

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    担当区分:研究代表者 

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  • クロマチン制御による遺伝性神経変性疾患の治療法の開発

    研究課題/領域番号:22K06063  2022年4月 - 2025年3月

    日本学術振興会  科学研究費補助金  基盤研究(C)

    上田 潤

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:4,160,000円 ( 直接経費:3,200,000円 、 間接経費:960,000円 )

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  • ハンチントン病に対するエピゲノム編集に立脚した新規治療法の開発

    2022年4月 - 2023年3月

    国立研究開発法人 日本医療研究開発機構  医療研究開発推進事業費補助金  橋渡し研究戦略的推進プログラム,シーズA

    船越洋, 山崎大賀

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    担当区分:研究代表者 

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  • 人為的なクロマチン制御を施した疾患モデル動物由来のES細胞の遺伝子発現解析

    研究課題/領域番号:22NIBB330  2022年4月 - 2023年3月

    大学共同利用機関法人 自然科学研究機構 基礎生物学研究所  個別共同利用研究

    上田 潤

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    担当区分:研究代表者 

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  • 精巣特異的ヒストンバリアントH3tのヒストンコード解明

    研究課題/領域番号:22NIBB325  2021年4月 - 2023年3月

    大学共同利用機関法人 自然科学研究機構 基礎生物学研究所  2021年度基礎生物学研究所 共同利用研究  個別共同利用研究

    上田 潤

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    担当区分:研究代表者 

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  • 精巣特異的ヒストンH3tが染色体高次構造に果たす役割の解明

    2019年4月 - 2022年3月

    文部科学省  基盤研究(C) 

    上田潤

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • ゲノム編集動物作製のための技術開発とそれを利用した排尿機能障害,雄性不妊疾患モデル動物の作製

    2019年4月 - 2021年3月

    北海道大学遺伝子病制御研究所  共同利用・共同研究拠点 一般共同研究 

    上田 潤

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 精巣特異的ヒストンH3tが染色体高次構造に果たす役割の解明

    2018年4月 - 2019年3月

    秋山記念生命科学振興財団  研究助成 一般 

    上田潤

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 精巣特異的ヒストンバリアントH3tの減数分裂進行過程での役割解明

    2017年4月 - 2019年3月

    加藤記念バイオサイエンス振興財団  加藤記念研究助成 メディカルサイエンス分野 

    上田潤

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • マイクロRNA導入マウス心筋症におけるヘキソキナーゼ2とMAS受容体シグナル解析

    研究課題/領域番号:16K08748  2016年4月 - 2019年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    岩本 隆司, 市原 正智, 小形 岳寛, 野田 明子, 上田 潤

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    配分額:4,810,000円 ( 直接経費:3,700,000円 、 間接経費:1,110,000円 )

    マイクロRNAであるmiR-143/145を心筋細胞に過剰発現したトランスジェニックマウス(miRTG)に発症した拡張型心筋症において、ヘキソキナーゼ2の関与は低い事が示唆された。一方、miRTGでは予想に反して、還元型グルタチオンが増加し、ペントースリン酸経路の亢進が示唆された。また、病態の進行にはアンジオテンシン変換酵素とインスリン様成長因子1受容体のシグナルが重要である事が示唆された。また、心筋特異的MASトランスジェニックマウスは加齢と共に心不全を起こすため、交配実験を試みる事は出来なかったが、miRTGは心筋症における新規の還元ストレスシグナル経路を解析するモデルとなると考えられた。

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  • 精子形成過程に必須の役割を果たすヒストンバリアントH3tの機能解析

    2016年4月 - 2019年3月

    文部科学省  科学研究費補助金 基盤研究(C) 

    上田潤

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 雄性不妊及び発がん過程のクロマチン動態解析

    2016年4月 - 2018年3月

    文部科学省  科学研究費補助金 新学術領域研究(研究領域提案型) 

    上田潤

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 精巣特異的ヒストンバリアントH3tの精子形成過程での役割解明

    2016年4月 - 2017年3月

    武田科学振興財団  2016年度ライフサイエンス研究奨励 

    上田潤

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • DNAのメチル化レポーターマウス「メチロー」を用いたがんの早期診断法の開発

    2015年7月 - 2016年3月

    中部科学技術センター  学術奨励研究助成事業 

    上田潤

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • 中部大学 特別研究費B

    2015年4月 - 2017年3月

    中部大学 

    上田潤

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  • エピジェネティクス可視化マウスの開発とそれらを用いた発生・脱分化過程の動態解析

    2014年4月 - 2016年3月

    文部科学省  科学研究費補助金(若手研究(B)) 

    上田潤

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    配分額:3,900,000円 ( 直接経費:3,000,000円 、 間接経費:900,000円 )

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  • マウスES細胞の樹立過程のライブセルイメージング解析

    研究課題/領域番号:23870017  2011年4月 - 2013年3月

    文部科学省  科学研究費補助金(研究活動スタート支援)  研究活動スタート支援

    上田潤

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    配分額:1,690,000円 ( 直接経費:1,300,000円 、 間接経費:390,000円 )

    本研究課題ではマウス初期胚からの ES(胚性幹) 細胞の樹立過程をライブセルイメージングすることで、ES 細胞の起源、ES 細胞の形成過程について明らかにすることを目的としている。研究代表者は DNA のメチル化状態を MBD プローブによって可視化したマウスを作製することに成功し、このレポーターを用いてイメージング解析を行った。これにより ES 細胞とマウスの初期胚(ICM の細胞など)とでは、DNA のメチル化状態が大きく異なることが明らかとなった。

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  • 生殖細胞エピゲノム獲得機構の解明とその再構成

    研究課題/領域番号:20062011  2008年 - 2012年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特定領域研究

    斎藤 通紀, 大日向 康秀, 上田 潤

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    配分額:63,500,000円 ( 直接経費:63,500,000円 )

    本研究では、精子や卵子の起源となる始原生殖細胞の形成機構の解明に成功し、その成果に基づき、多能性幹細胞[胚性幹細胞(embryonic stem cells: ES細胞)や人工多能性幹細胞(induced plupipotent stem cells: iPS細胞)]を起点として、マウス始原生殖細胞の形成過程を培養ディッシュ上で再現することに成功した。培養ディッシュ上で誘導された始原生殖細胞は、精子や卵子、さらには健常な産仔に貢献した。また、マウスES細胞の多能性維持機構におけるPRDM14の役割を解明した。

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  • 哺乳類生殖細胞形成に必須の役割を果たすPrdm14分子の複合体解析

    研究課題/領域番号:20770146  2008年 - 2009年

    文部科学省  科学研究費補助金(若手研究(B))  若手研究(B)

    上田潤

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    我々を含む多細胞生物は、ほとんどの細胞が一代で死滅する限りある存在である。その中で生殖細胞は、次世代に遺伝情報を継承することのできる唯一の細胞であり、これらめ細胞によって生物の連続性は保証されている。そして生物の連続性を保障する生殖細胞の形成過程を分子レベルで理解することは、生殖・再生医療の発展は元より、生命科学における重要課題の一つである。 本研究では哺乳類の生殖細胞形成に必須の役割を果たすPrdm14分子の複合体解析を行うことで、始原生殖細胞系列がどのような分子機序によって成立しているのかを明らかにするこ車を目的としている。研究を開始した当初は、Prdm14がマウスES細胞でも発現していることから、ES細胞を用いて複合体解析を行うことで多能性細胞に特異的な因子が得られるのではないかと考えていた。しかしながら、予想に反してES細胞から同定された構成因子群は極めて一般的且つ重要なものであった。さらに、HeLa細胞も用いてヒトPRDM14の複合体解析を行ったところ、マウスES細胞で得られた結果と非常に良く合致していた。Prdm14はPRドメイン(ヒストン・メチル化酵素活性のあるSETドメインに類似したもの)を持つことからヒストン修飾に関わるような因子を想定していたが、RNAへリカーゼやスプライシングに関わるものが複数固定された。 また本研究過程で、Prdm14分子がマウスES細...

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担当経験のある科目(授業)

  • 医学研究特論

    2020年10月 - 現在 機関名:旭川医科大学

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  • 分子生物学

    2020年1月 - 現在 機関名:旭川医科大学

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  • 免疫学実習(分担)

    2017年6月 - 現在 機関名:旭川医科大学

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  • Advanced Course for Biological Pharmacy IV, Semester I, 2011-2014, Class Size: 8-10 (1.5 hours)

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  • 先端医学特論(大学院博士課程共通講義)

    機関名:旭川医科大学

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  • 実験動物・細胞科学技術実習

    機関名:中部大学・生命健康科学部・生命医科学科

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  • ゲノム科学・遺伝子操作論

    機関名:中部大学・生命健康科学部・生命医科学科

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社会貢献活動

  • 参議院予算委員会における議員質疑に関連する事実情報の整理・提供

    役割:助言・指導

    2025年5月

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    種別:調査

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  • mRNA 脂質ナノ粒子製剤をはじめとした遺伝子製剤全般の研究開発からワクチン承認審査等にかかる法制度上の欠陥の是正を求める記者会見

    役割:情報提供

    一般社団法人ワクチン問題研究会  2025年1月

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    種別:その他

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  • 従来型のワクチンと遺伝子ワクチンの違いについて、遺伝子ワクチン接種後の健康被害状況について

    役割:情報提供

    旭川市議会 民生及び子育て文教常任委員会との意見交換会  2024年6月

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    種別:その他

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  • ゲノム編集技術を応用した新規治療法やヒト疾患モデル動物の開発について

    役割:講師

    旭川西高校SSH(Super Science High school)研修  2024年1月

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    種別:出前授業

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  • ゲノム編集とは何か~その可能性と課題~

    役割:講師

    旭川西高校SSH(Super Science High school)研修  2020年1月

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    種別:出前授業

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  • ゲノム編集技術の何が凄いのか?~ゲノム編集技術と従来の遺伝子組換え技術の相違点~

    役割:講師

    北海道高等学校理数科研究会 出張講義  2019年8月

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    種別:出前授業

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  • ゲノム編集とは何か~その可能性と課題~

    役割:講師

    北海道札幌西高等学校 訪問研修  2019年7月

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    種別:出前授業

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  • ゲノム編集とは何か~その可能性と課題~

    役割:講師

    北海道旭川西高等学校 出張講義  2018年11月

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    種別:出前授業

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  • 無精子症マウスの遺伝子治療 京大、精子形成を確認

    役割:情報提供

    朝日新聞  2018年4月

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    種別:新聞・雑誌

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メディア報道

  • Researchers Concerned About Blood Transfusions From Vaccinated and Long-COVID Patients, Propose Changes: Preprint インターネットメディア

    The Epoch Times  2024年3月

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  • コロナワクチン接種者からの輸血に関するリスク、日本の研究者らが懸念示す インターネットメディア

    大紀元・エポックタイムズ  2024年3月

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    執筆者:本人以外 

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  • 「コロナワクチン」接種立ち止まって考える時期?! 中止求める声明出した「全国有志医師の会」の見解 新聞・雑誌

    株式会社メディアあさひかわ  月刊メディアあさひかわ  290頁~294頁  2023年1月

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    執筆者:本人以外 

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  • 無精子症関与のタンパク質を解明 テレビ・ラジオ番組

    NHKニュース 東海NEWS WEB  2017年1月

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  • 無精子症の関係遺伝子特定 原因解明に光、中部大 新聞・雑誌

    共同通信47NEWS  2017年1月

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  • 無精子症に関与する遺伝子特定 中部大 新聞・雑誌

    日経新聞  2017年1月

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  • 無精子症の関係遺伝子特定 原因解明に光、中部大 新聞・雑誌

    静岡新聞アットエス  2018年1月

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  • 無精子症の関係遺伝子特定 原因解明に光、中部大 新聞・雑誌

    西日本新聞  2018年1月

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  • 男性不妊症の一端解明 新聞・雑誌

    わかやま新報  2017年1月

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  • 無精子症 関連の遺伝子特定 新聞・雑誌

    朝日新聞  2017年1月

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  • 無精子症の関係遺伝子特定 新聞・雑誌

    産経新聞  2017年1月

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  • 無精子症 仕組み解明 新聞・雑誌

    日刊工業新聞  2017年1月

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  • 無精子症の関係遺伝子特定 新聞・雑誌

    医療新聞  2017年1月

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  • 細胞の化学変化 生物体内で観察 新聞・雑誌

    日経新聞  2014年6月

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  • DNAにスイッチ阪大など仕組み研究 「オフ」で光るマウス作製 新聞・雑誌

    朝日新聞社  朝日新聞  2014年6月

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  • ベテラン記者のデイリーコラム・【坂口至徳の科学の現場を歩く】DNAメチル化…変化を生きたまま可視化できるマウスを作製 阪大・微研 新聞・雑誌

    産経新聞  2014年6月

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  • 阪大、DNAメチル化の変動を可視化できるマウス「メチロー」を作製 インターネットメディア

    日経BP社  日経バイオテクONLINE  2014年6月

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  • 阪大、全身がプローブ発現するマウス開発しDNAメチル化の可視化に成功 新聞・雑誌

    日刊工業新聞  2014年6月

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